ASKGene, um sistema para processamento automatizado de DNA

Autores

  • Eden Cardoso Cardim Universidade Estadual de Santa Cruz, Laboratório de Bioinformática, Ilhéus-Itabuna, BA, Brasil
  • Wallace Vinicius Oliveira Reis Universidade Estadual de Santa Cruz, Núcleo de Biologia Computacional e Gestão de Informações Biotecnológicas, Ilhéus-Itabuna, BA, Brasil
  • Nicolas Carels Fundação Oswaldo Cruz, Instituto Oswaldo Cruz, Laboratório de Genômica Funcional e Bioinformática, Manguinhos, Rio de Janeiro, RJ, Brasil
  • Diego Gervásio Frías Suárez Universidade Estadual de Santa Cruz, Núcleo de Biologia Computacional e Gestão de Informações Biotecnológicas, Ilhéus-Itabuna, BA, Brasil

DOI:

https://doi.org/10.3395/reciis.v1i2.925

Palavras-chave:

Anotação de gene, Perl, banco de dados relacional, PostgreSQL, código aberto

Resumo

Os recursos computacionais se tornaram essenciais para o desenvolvimento de projetos genoma. Vários sistemas distribuídos que gerenciam estruturas complexas e que integram interfaces gráficas voltadas para o usuário, processamento e mineração de grandes quantidades de dados e bancos de dados volumosos, foram propostos. A maioria dos laboratórios de seqüenciamento já consolidados desenvolveu soluções próprias. Entretanto, um sistema portável e escalonável, integrando todos esses aspectos, ainda não está disponível para a comunidade científica. Neste estudo, apresentamos um protótipo de tal sistema em curso de desenvolvimento aberto em http://sourceforge.net/projects/ askgene. Este sistema permite (i) acessibilidade aos dados e processos ao longo de todo o fluxo de dados, (ii) representação de dados e ontologia, (iii) manejo do fluxo de processamento (workflow), (iv) arquitetura e documentação do sistema, (v) desenvolvimento corporativo, anotação manual, (vii) processamento de dados corrompidos, (viii) distribuição e paralelização de processos, (ix) portabilidade e escalonabilidade.

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Publicado

31-12-2007

Como Citar

Cardim, E. C., Reis, W. V. O., Carels, N., & Frías Suárez, D. G. (2007). ASKGene, um sistema para processamento automatizado de DNA. Revista Eletrônica De Comunicação, Informação & Inovação Em Saúde, 1(2). https://doi.org/10.3395/reciis.v1i2.925

Edição

v. 1 n. 2 (2007): Suplemento - Bioinformática e Saúde

Seção

Artigos originais

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